Wykonanie analiz metagenomicznych prób DNA

Dane organizatora	INSTYTUT DENDROLOGII POLSKIEJ AKADEMII NAUK 62-035 KÓRNIK PARKOWA 5 Tel. 61 817 00 33 Fax. 61 817 01 66 E-mail idkornik@man.poznan.pl WWW www.idpan.poznan.pl
Województwo	wielkopolskie
Powiat	Poznań
Treść zamówienia	Wykonanie analiz metagenomicznych prób DNA środowiskowego (łącznie 32 próby). Orientacyjna, minimalna wielkość próby 5-10 gramów. W zakres ś… Oryginalna treść ogłoszenia
Opis zamówienia	Wykonanie analiz metagenomicznych prób DNA środowiskowego (łącznie 32 próby).Orientacyjna, minimalna wielkość próby 5-10 gramów.W zakres świadczonej usługi muszą wchodzić:Izolacja DNA z dostarczonych prób korzeni. Izolacja całkowitego DNA powinna zostać wykona z użyciem zestawów do izolacji DNA z prób środowiskowych, które zapewniają uzyskanie DNA o wysokiej czystości, np. QIAGEN DNeasy PowerSoil Pro Kit.Przygotowanie bibliotek dla regionu ITS2 z amplikonów z trzech niezależnych reakcji PCR (32 izolacji = 96 reakcji PCR). Amplikony przygotowane będą z użyciem starterów gITS7 (5 -GTG ART CAT CGA RTC TTT G-3 ) i ITS4 (5 -TCC TCC GCT TAT TGA TAT GC-3 ).Wykonanie wysokoprzepustowego sekwencjonowania przygotowanych 32 bibliotekz użyciem technologii Illumina na sekwenatorze MiSeq z zestawem odczynników, które umożliwiają odczyt w trybie sparowanych odczytów o długościach od 2×250 do 2×400 nukleotydów. Wymagana minimalna ilość odczytów dla każdego amplikonu to 200 000.Podstawowa analiza bioinformatyczna w ramach której uzyskane wyniki zostaną przefiltrowane-rozdzielone na poszczególne próby, usunięte zostaną sekwencjeo niskiej jakości, wyodrębnione zostaną jednostki taksonomiczne – OTU (Operational Taxonomic Unit), wykonana zostanie analiza taksonomiczna próbek (w oparciu o bazę UNITE), oraz przypisanie jednostek OTU do grup troficznych (w oparciu o bazę danych FunGuild).Wymagane jest, aby zamawiający miał dostęp do wszystkich uzyskanych danych (również surowych odczytów). Dane powinny umieszczone na serwerze plików/dysku sieciowym, jak również dostarczone w formie cyfrowej na nośniku (np. pendrive) w postaci plików .fastq, .fna, .txt, .bion, *.xlsx. Pliki w formie on-line powinny być dostępne przez sześć miesięcy od daty zakończenia zlecenia, a dostęp do nich musi być zahasłowany. Piliki powinny być spakowane programem 7Zip z opcją szyfrowania danych.Wykonawca nie będzie rościć sobie żadnych praw autorskich do wygenerowanych danych i nie będzie ich wykorzystywał w jakikolwiek sposób do własnych celów (np. budowa bazy danych). Dane zostaną nieodwracalnie usunięte po maksymalnie6 miesiącach od wykonania całości usługi lub na wyraźne życzenie Zamawiającego.Materiał do analiz zostanie dostarczony jednorazowo, w terminie co najmniej 30 dni przed terminem realizacji zamówienia. Materiał dostarczony zostanie w formie zamrożonej (w suchym lodzie). Dostawa prób na koszt Wykonawcy.
Specyfikacja	https://tender-attachments.com/cgi-bin/gd_tai.cgi?action=5&id=idpan.poznan.pl_1698313144608
LINK do SIWZ	http://www.idpan.poznan.pl/bip/index.php/zamowienia-publiczne/zamowienia-z-dziedziny-nauki-2023/611-wykonanie-analiz-metagenomicznych-prob-dna-srodowiskowego-lacznie-32-proby.html
Osoba do kontaktu	Osobą do kontaktu w sprawie zamówienia pod względem formalno-proceduralnym jest Klaudia Olejniczak, tel.: 663 730 893; e-mail: klaolejniczak@man.poznan.pl w godzinach od 7.30 do 15.30.
Wymagany termin realizacji zamówienia	do 15.12.2023 r.
Miejsce i termin składania ofert	INSTYTUT DENDROLOGII POLSKIEJ AKADEMII NAUK 62-035 KÓRNIK PARKOWA 5 2023-11-03
Sposób składania ofert	INSTYTUT DENDROLOGII POLSKIEJ AKADEMII NAUK, PARKOWA 5, 62-035 KÓRNIK Godzina: 10:00
Miejsce i termin otwarcia ofert/licytacji
Termin związania ofertą
Składanie ofert wariantowych/częściowych
Uwagi	Termin związania ofertą-7 dni tj. do 09.11.2023 r. Termin wykonania usługi-do 15.12.2023 r. Termin realizacji Zamawiający rozumie jako termin przekazania wyników. Oferty wg wzoru stanowiącego załącznik nr 1 powinny zawierać proponowaną cenę na wszystkie elementy zamówienia ujęte w opisie. Cenę za wykonanie zamówienia Wykonawca określi w złotych z dokładnością do dwóch miejsc po przecinku na wszystkie elementy zamówienia. Zamawiający w celu ustalenia, czy oferta zawiera rażąco niską cenę w stosunku do przedmiotu zamówienia, może zwrócić się do Wykonawcy o udzielenie w określonym terminie wyjaśnień dotyczących elementów oferty mających wpływ na wysokość ceny. Zastosowanie przez Wykonawcę stawki podatku VAT od towarów i usług niezgodnego z przepisami ustawy o podatku od towarów i usług oraz podatku akcyzowego z 11.03.2004 r. (Dz. U. 04.54.535 z póź. zm.) spowoduje odrzucenie oferty. Cena powinna zawierać wszystkie koszty realizacji zamówienia. Jedynym kryterium wyboru oferty jest cena brutto. Za najkorzystniejszą ofertę uznana zostanie ważna oferta z najniższą ceną. Z Wykonawcą, którego oferta zostanie uznana za najkorzystniejszą zostanie podpisana umowa wg wzoru załącznika nr 2 do ogłoszenia (dotyczy zamówienia na kwotę powyżej 15000,00 zł netto) lub zostanie wysłane pisemne zamówienie (kwota poniżej 15000,00 zł netto). Warunkiem zapłaty jest sporządzenie przez strony tej umowy protokołu odbioru przedmiotu usługi lub jej części-załącznik nr 4. Zamawiający zastrzega sobie prawo unieważnienia postępowania bez podania przyczyny. Od tej decyzji nie przysługują środki odwoławcze. Oferty należy składać w zamkniętych kopertach z dopiskiem: Oferta cenowa na wykonanie analiz metagenomicznych prób DNA środowiskowego (łącznie 32 próby) znak sprawy: DAZ.2540.1164.2023 do 03.11.2023 roku w skrzynce podawczej Instytutu portiernia budynku A, do godz. 10.00 lub przesłać pocztą elektroniczną na adres: zamowienia.idpan@man.poznan.pl. Osobą do kontaktu w sprawie zamówienia pod względem formalno-proceduralnym jest Klaudia Olejniczak, tel.: 663 730 893; e-mail: klaolejniczak@man.poznan.pl w godzinach od 7.30 do 15.30.